RAPTOR

RAPTOR er en innovativ programvare designet for nøyaktig protein struktur prediksjon. Det kombinerer avanserte analyseverktøy i en integrert programvareløsning og gir tre forskjellige tråder metoder. RAPTOR unike heltall programmering optimalisering tilnærming er mest effektive for å finne struktur maler av målene med lav sekvenshomologi og er i stand til å generere høy kvalitet modeller. Den er enkel å bruke grensesnitt og er enkel å forstå E verdiene er ideell for nybegynnere og eksperter. Fremfor alt, intuitiv visning av produksjonen gjør det mulig å forstå resultatene bare på et øyeblikk. Gitt en målprotein sekvens, hvis det er en homolog protein med kjent 3D-struktur, kan det bli funnet ved hjelp av sekvens søkeverktøy som PSI-BLAST, også i RAPTOR. Målet struktur blir så bygget fra den kjente konstruksjon; Men når sekvenshomologien er ikke signifikant, dvs. mindre enn 25%, kan PSI-BLAST ikke komme opp med en trygg hit. I motsetning til PSI-BLAST, som rett og slett gjør en sekvens søk, protein threading, fold anerkjennelse, gjør bruk av både homologi og strukturere informasjon. Den skanner proteinsekvensen med en ukjent struktur mot en database med kjente konstruksjoner. Ved å bruke et poeng funksjon og føring kompatibilitet analyse mellom tredimensjonale strukturer og lineære proteinsekvenser, vil det beste strukturelle malen bli identifisert for å utvikle DNA struktur. Som et resultat, gir protein threading en overlegen prognose enn homologi modellering når det er marginal sekvenshomologi

​​ Begrensninger .

Begrenset funksjonalitet